Bioperl

Bioperl 是一组 Perl 编程语言脚本，旨在帮助研究人员进行计算生物学和生物信息学研究。

安装

配置

如果您从 AUR 安装到 /usr 路径（默认），则应将 bioperl 的路径添加到 perl 的 @INC 数组中：添加 PERL5LIB=$PERL5LIB:/usr/share/perl5/site_perl/5.10.0 作为环境变量。

注意： 请查看 /usr/share/perl5/site_perl/ 文件夹，查看版本是否相同，5.10.0 文件夹（或更新版本）应包含名为 BIO 的文件夹。如果未找到 5.10.0 或其他版本，请在 vendor_perl 或任何其他 perl5 文件夹中查找 Bio 文件夹，Bio 文件夹可能已安装在其中，并将 Bio 文件夹所在的路径添加到 bash 文件中。

建议从 CPAN 安装额外的模块，以避免出现依赖错误。

升级 CPAN

# perl -MCPAN -e shell
install Bundle::CPAN
q

安装/升级 Module::Build，并将其设为您的首选安装程序

# cpan
install Module::Build
o conf prefer_installer MB
o conf commit
q

额外内容

Bioperl-run 软件包默认未安装，它为许多常见的生物信息学应用程序和工具提供封装模块。

# cpan
d /bioperl/

这将返回如下内容

Distribution    BIRNEY/bioperl-1.2.2.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-1.2.3.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-1.2.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-1.4.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-db-0.1.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-ext-1.4.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-gui-0.7.tar.gz
Distribution    BIRNEY/bioperl-run-1.4.tar.gz
Distribution    BOZO/Fry-Lib-BioPerl-0.15.tar.gz
Distribution    CJFIELDS/BioPerl-1.6.0.tar.gz
Distribution    CJFIELDS/BioPerl-1.6.1.tar.gz
Distribution    CJFIELDS/BioPerl-db-1.6.0.tar.gz
Distribution    CJFIELDS/BioPerl-network-1.6.0.tar.gz
Distribution    CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz
Distribution    CRAFFI/Bundle-BioPerl-2.1.8.tar.gz
15 items found

然后只需执行（检查版本兼容性）

install CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz
q

故障排除

如果在编译 perl 脚本时遇到问题，出现类似 Can't locate (模块名称) in @INC 的错误，请按如下方式安装缺少的模块

# cpan
install Module::Name
q

参见

https://bioperl.org/INSTALL.html